Pruitt čelil množstvu podozrení v súvislosti s cestovnými výdavkami, nákladmi na bezpečnosť, vzťahmi s lobistami v priemysle a zneužívaním vládnych zdrojov. Počas opakovaných vypočúvaní v Kongrese všetky podozrenia poprel.
Samotný Kongres kontroverzného šéfa EPA obviňoval zo stretu záujmov, zneužívania úradnej moci čí nezákonných výdavkov.
Ekologická agentúra pod jeho vedením presadzovala napríklad benevolentnejší prístup k ťažbe uhlia, ktorú z ekologických dôvodov predchádzajúce vlády obmedzovali. Pod Trumpovým súhlasom taktiež došlo k zmierneniu viacerých regulácií.
Aktivisti však namietali, že pod Pruittovým vedením došlo k ohrozeniu životného prostredia.
Šéf Bieleho domu Trump o rezignácii riaditeľa EPA informoval prostredníctvom statusu na Twitteri. Pruitt podľa neho vykonal v rámci agentúry mimoriadnu prácu a poďakoval sa mu za ňu. V pondelok ho vo funkcii nahradí súčasný prvý podpredseda EPA Andrew Wheeler, dodal Trump.