Kelly strávil vo funkcii takmer rok a pol a až do tohtoročného leta mal s Trumpom priateľské vzťahy. Prezident ho v júli požiadal, aby vo funkcii zostal až do roku 2020, s čím Kelly súhlasil. Podľa zdrojov CNN sa však ich vzťahy v posledných týždňoch zhoršili a obaja muži spolu prestali komunikovať. Kellyho odchod je údajne vôľou oboch strán.
Americké médiá už v polovici novembra informovali, že Trump chystá niekoľko personálnych zmien vrátane Kellyho odvolania. Personálny šéf podľa ľudí z Trumpovho okolia stratil prezidentove sympatie najmä kvôli svojmu spojenectvu s ministerkou vnútornej bezpečnosti Kirstjen Nielsenovou, zodpovednou za migračnú problematiku, s ktorej prácou nie je Trump spokojný a plánuje ju tiež uvoľniť z funkcie.
Trump siaha k personálnym zmenám vo vláde a vo svojom úrade na pomery amerických prezidentov nezvyčajne často. Doteraz posledným významným vládnym činiteľom, ktorého odvolal z funkcie, bol pred mesiacom minister spravodlivosti Jeff Sessions.