Pätica mužov je obžalovaných z vojnových zločinov vrátane terorizmu a zavraždenia takmer 3000 ľudí. Pôjde o prvé osoby súdené v súvislosti so zničujúcimi útokmi, ku ktorým došlo takmer pred 20 rokmi v New Yorku, Washingtone a Pensylvánii. V prípade usvedčenia hrozí všetkým trest smrti.
Chálida Šajcha Muhammada zadržali v roku 2003 v Pakistane a previezli na americkú vojenskú základňu Guantánamo na Kube, kde ho neskôr obvinili, avšak pokusy o jeho súdne stíhanie, ako aj celej skupiny, boli sťažené rozličnými odkladmi. Počas predchádzajúceho pokusu o jeho súdenie pred vojenským tribunálom v roku 2008 Muhammad vyhlásil, že hodlá priznať vinu a privítať „mučenícku smrť“.
Administratíva bývalého amerického prezidenta Baracka Obamu, ktorá prisľúbila zatvorenie Guantánama, sa v roku 2009 pokúsila presunúť tento súdny proces do New Yorku, ale po nesúhlase Kongresu od tohto zámeru upustila. Pentagón už predtým vyhlásil, že Muhammad sa priznal k plnej zodpovednosti za útoky.
Americká prokuratúra tvrdí, že Muhammad bol zapletený aj do ďalších teroristických aktivít vrátane bombového útoku na nočných klub na indonézskom ostrove Bali v roku 2002, bombového útoku na newyorské Svetové obchodné centrum v roku 1993, vraždy amerického novinára Daniela Pearla či neúspešného pokusu o bombový útok na civilné dopravné lietadlo za použitia „topánkovej bomby“ v roku 2001.
Advokáti pätice obžalovaných sa usilujú dosiahnuť zákaz použitia priznaní, ktoré obžalovaní učinili pre FBI v roku 2006. Tvrdia, že tieto výpovede nie sú použiteľné, pretože boli dosiahnuté krutým vypočúvaním počas zadržiavania podozrivých. Dokumenty CIA potvrdzujú, že Muhammad bol 183-krát podrobený simulovanému topeniu – tzv. waterboardingu.
Štyria ďalší muži boli takisto vypočúvaní agentmi CIA v sieti amerických zahraničných väzení ešte predtým, ako ich vydali do rúk americkej armáde.