Vedec bol zadržaný na jar roku 2015. Podľa prokuratúry poslal Lapygin v roku 2011 do Číny súbor dokumentov obsahujúcich aj tajný program, ktorý umožnil vypočítať optimálne aerodynamické vlastnosti nadzvukových lietadiel. Mal za to dostať odmenu 90-tisíc dolárov. Rozsudok nad ním súd vyniesol v septembri 2016.
Lapygin obvinenia odmietol a trval na to, že súbor, ktorý do Číny zaslal, neobsahoval žiadne tajné informácie.
Ľudskoprávna organizácia Memorial považuje tohto vedca za politického väzňa.
Lapyginovi obhajcovia od vynesenia rozsudku dvakrát žiadali o milosť pre svojho mandanta, ale žiadosti boli zamietnuté. Komisia totiž nezistila „okolnosti nevyhnutné na udelenie milosti“, uviedol spravodajský server Novaja gazeta. O udelenie milosti pre svojho kolegu žiadali ruského prezidenta Vladimira Putina aj mnohí ruskí vedci.
V apríli tohto roku vedec požiadal o podmienečné prepustenie a tejto žiadosti súd v Tveri vyhovel.
Lapygin roky pracoval v Centrálnom vedeckotechnickom strojárenskom ústave (CNIImaš), ktorý je hlavnou výskumnou inštitúciou ruskej vesmírnej agentúry Roskosmos.
Prednášal aj na Moskovskej štátnej technickej univerzite Nikolaja Baumana. V roku 2014 bol za svoju prácu dokonca vyznamenaný.