Osobitný súd pre Kosovo (KSC) v Haagu, ktorý sa zaoberá povstaním Kosova proti srbskej vláde z rokov 1998–99, koncom júna obvinil Thaciho, bývalého predsedu parlamentu Kadriho Veseliho a ďalších z vraždy, núteného zmiznutia, prenasledovania a mučenia. Thaci aj Veseli, ktorí slúžili ako vrchní velitelia bývalej Kosovskej oslobodzovacej armády (UČK), tieto obvinenia odmietajú.
KSC bol zriadený v roku 2015 so zámerom riešiť prípady údajných zločinov povstalcov UČK počas vojny, ktorá viedla k vyhláseniu nezávislosti Kosova od Srbska o desaťročie neskôr. Dosiaľ bolo v tejto súvislosti vypočúvaných približne 250 osôb. Tento dočasný tribunál, s ktorého vznikom Priština súhlasila po tlaku USA a EÚ, je súčasťou kosovského justičného systému, má však zahraničný personál.
Obvinenia vznesené voči Thacimu a Veselimu nie sú konečné a súd bude teraz niekoľko mesiacov rozhodovať, či sú dostatočne podložené na spustenie súdneho procesu. Snahy o vyšetrenie údajných zločinov UČK priamo v Kosove boli dosiaľ marené rozsiahlym zastrašovaním.
Thaci prisľúbil, že ak KSC potvrdí obžalobu z vojnových zločinov, odstúpi okamžite z funkcie. Vojna v Kosove si vyžiadala vyše 10.000 mŕtvych a ďalších 1641 ľudí je stále nezvestných. Konflikt sa skončil po 78-dňovom bombardovaní Srbska silami NATO. Srbsko nezávislosť Kosova stále neuznalo.