Kým zraneného pápeža odvážali do bezpečia, dav sa vrhol na strieľajúceho muža, ktorým bol vtedy 23-ročný Turek Mehmet Ali Agca (vysl. Agdža). Vo štvrtok 13. mája uplynie 40 rokov od neúspešného atentátu na pápeža Jána Pavla II. Jeho pozadie nie je objasnené dodnes.
Ján Pavol II. sa stal 22. októbra 1978 v poradí 264. pápežom. Na mene vtedy 58-ročného Poliaka Karola Wojtylu sa kardináli prekvapivo zhodli na konkláve 16. októbra 1978 po tom, ako sa nevedeli dohodnúť na žiadnom talianskom kandidátovi. Hlasovalo za neho 103 spomedzi 109 prítomných kardinálov. Meno si Wojtyla zvolil po svojom predchodcovi Jánovi Pavlovi I., ktorý svoj post zastával len 33 dní.
Mehmet Ali Agca sa narodil 9. januára 1958. Ako člen radikálnej organizácie Siví vlci zastrelil 1. februára 1979 tureckého novinára Abdiho Ipekčiho. V tom istom roku podľa denníka The New York Times hrozil Agca smrťou aj pápežovi, pokiaľ neupustí od úmyslu navštíviť Turecko. Ján Pavol II. bol v Turecku 28. novembra 1979. Zhodou okolností len tri dni predtým sa podarilo Agcovi utiecť z prísne stráženého istanbulského väzenia.
Atentát na Jána Pavla II. spáchal Agca spoločne s komplicom Oralom Čelikom, ktorý mal byť záložným strelcom a pomocou výbuchu nálože mal v dave vyvolať zmätok. Napokon však spanikáril a ušiel. Potom ako Agca štyri razy vystrelil na pápeža, vrhli sa naňho okolostojaci ľudia. Vzápätí ho spacifikoval šéf vatikánskej ochranky Camillo Cibin.
Zranenia neboli životu nebezpečné, avšak pápež pri útoku stratil takmer všetku krv. Po štvorhodinovej operácii sa ho podarilo zachrániť. Emeritný krakovský arcibiskup Stanislaw Dziwisz bol ako osobný tajomník po boku najvyššieho pontifika v momente atentátu, aj po prevoze na rímsku kliniku Gemelli.
Pripomenul, že pápež odpustil páchateľom hneď po atentáte. „Modlite sa za môjho brata, ktorému som úprimne odpustil,“ povedal ešte na nemocničnom lôžku 17. mája 1981. Atentátnika Aliho Agcu odsúdil súd v Ríme 22. júla 1981 na doživotie.
Ján Pavol II. bol presvedčený, že život mu zachránila Panna Mária. V známom portugalskom mestečku Fatima sa práve 13. mája 1917 zjavila Panna Mária trom deťom a vyslovila tri proroctvá. V treťom z nich, ktoré Vatikán zverejnil až 13. mája 2000, teda presne 19 rokov po atentáte, sa uvádza, že „biskup oblečený v bielom padne na zem ranený guľkou“.
Najvyšší pontifex navštívil Fatimu prvý raz rok po atentáte a dal guľku, ktorá ho zranila, vsadiť do koruny sochy Panny Márie v kaplnke Zjavení. Návštevu 12. mája 1982 sprevádzal incident, pri ktorom sa Ján Pavol II. stal druhý raz terčom útoku – nožom sa naňho vrhol ultrakonzervatívny kňaz Juan Fernández Krohn, včas ho však zneškodnila pápežova ochranka.
Po vianočných sviatkoch 27. decembra 1983 navštívil Ján Pavol II. atentátnika Agcu v rímskej väznici Rebibbia. Pri tejto príležitosti mu opäť verejne odpustil. Obsah ich rozhovoru však ostal utajený. Agca neskrýval blízky vzťah k pápežovi, neskôr tvrdil, že sa stal kresťanom.
Pápež sa prihovoril za jeho prepustenie. Napokon 13. júna 2000 taliansky prezident Carlo Azeglio Ciampi udelil Agcovi milosť. Agcu deportovali do Turecka, kde sa však opäť dostal do väzenia pre vraždu novinára Ipekčiho a ďalšie trestné činy. Na slobodu ho prepustili až 18. januára 2010.
Ján Pavol II. zomrel 2. apríla 2005 ako 85-ročný. Pozadie atentátu ostalo neobjasnené, rozchádzajú sa aj svedectvá a výpovede samotného Agcu. Podľa záverov vyšetrovania sa na atentáte mala podieľať bulharská komunistická tajná služba na pokyn sovietskej KGB. Talianskemu súdu sa však účasť Bulharov nepodarilo potvrdiť a Ján Pavol II. pri návšteve Bulharska v roku 2002 zamietol takúto hypotézu.
Skutočnosťou je, že pre komunistický režim predstavoval Ján Pavol II. hrozbu, pretože svojou autoritou prispel k jeho oslabeniu a zániku. Otvorene podporoval demokratizáciu svojej vlasti. „Nech vstúpi tvoj Duch Svätý a obnoví tvár tejto krajiny,“ vyhlásil už pri prvej návšteve Poľska v roku 1979.