Bakatin, rodák zo sibírskeho Kiseljovska, bol pôvodnou profesiou stavbár, kým v roku 1973 prešiel do aparátu komunistickej strany. Viedol stranícku organizáciu v Kirovskej a Kemerovskej oblasti, stal sa členom ústredného výboru a v roku 1988 bol vymenovaný za ministra vnútra. V roku 1991 kandidoval na ruského prezidenta, ale skončil ako posledný zo šiestich kandidátov. Do čela KGB sa dostal po zmarenom pokuse o komunistický puč vo vtedajšom Sovietskom zväze v auguste 1991.
Bakatin podľa agentúry RIA Novosti preslávil hlavne tým, že so súhlasom sovietskeho prezidenta Michaila Gorbačova ako gesto dobrej vôle odovzdal Američanom plán odpočúvacieho zariadenia v ich veľvyslanectve v Moskve. Bakatinovou úlohou bola reforma predtým všemocnej KGB, ktorá sa vo výsledku rozdelila na rôzne tajné služby.
Spravodajský server Meduza pripomenul, že za Bakatina ako ministra vnútra bol zrušený systém platených donášačov. Bakatin sa tiež staval proti tomu, aby polícia potláčala protesty, a to aj v Pobaltí. V decembri 1990 ho zosadili a na čele vnútra ho vystriedal Boris Pugo, ktorý patril k strojcom puča v auguste 1991. Sám Bakatin sa vtedy proti puču postavil. Bol členom delegácie, ktorá sa vypravila za prezidentom Gorbačovom, internovanom pučistami v letovisku Foros. Za Bakatinovho pôsobenia KGB oficiálne ukončila svoju existenciu.
Rossijskaja gazeta pripomenula, že Bakatin sa stal prvým z regionálnych straníckych vedúcich, ktorí sa do funkcie dostali za nového generálneho tajomníka Gorbačova. Ten Bakatinovi nečakane ponúkol funkciu ministra vnútra. Bakatin neskôr spomínal, že Gorbačov bol pravdepodobne presvedčený, že ho bude ľahko ovládať. Ale prepustený bol po tom, čo odmietal použiť silu na rozháňanie demonštrácií v sovietskych republikách. V prezidentských voľbách potom dostal ako nezávislý kandidát okolo šesť miliónov hlasov.
Počas puču vystupoval ako aktívny vyjednávač s cieľom vyvarovať sa krviprelievaniu. Na Jelcinovo naliehanie ho Gorbačov postavil na čelo KGB, no pri jej reformovaní Bakatin odmietol Jelcinove najradikálnejšie návrhy: KGB rozpustiť a začať s náborom nových agentov do novej organizácie. To by podľa Bakatina znamenalo zrútenie bezpečnostných orgánov, a tak KGB reformoval cestou reorganizácie.
Jelcin mu pred odvolaním ponúkal, že ho vyšle ako veľvyslanca do USA, ale Bakatin odmietol. Spojeným štátom však preukázal neoceniteľnú službu odovzdaním plánu supermoderného odpočúvacieho zariadenia v novej budove amerického veľvyslanectva v Moskve. Bakatin sa za to nikdy neospravedlňoval, aj keď ho obviňovali takmer zo zrady. Až neskôr vyšlo najavo, že o tom nerozhodol sám, ale najvyššie vedenie krajiny, dodal denník Rossijskaja gazeta.