Jones, pôvodom Škót, dorazil do virginského Fredericksburgu roku 1774 a čoskoro bol prijatý do námorníctva. Počas vojny za nezávislosť velil lodiam na atlantickom pobreží, v Karibiku a tiež v európskych moriach, pričom zajal a zničil viac ako desiatku britských lodí. Vedel, že za vojnové úspechy existujú odmeny. V liste z októbra 1776 určenom členovi kongresového výboru námorníctva Rogerovi Morrisovi vymenoval 16 plavidiel, ktoré zničil alebo zajal, a sťažoval sa na „ničotnú“ odmenu, ktorú mu za to námorníctvo vyplatilo. Upozornil, že Británia a ďalšie krajiny platia lepšie a že je „nevyhnutné výšku týchto odmien zjednotiť alebo ich ešte zvýšiť“, ak nemá námorníctvo prísť o najlepších mužov.
Tvorcovia ústavy súhlasili s tým, že vysoké odmeny v zahraničí môžu poškodiť americké záujmy. Jeden z otcov zakladateľov Alexander Hamilton napísal, že „jednou zo slabostí republík je, že príliš uľahčujú vplyv zahraničnej korupcie“. Keď Benjamin Franklin odišiel ako vyslanec do Francúzska, obdaroval ho Ľudovít XVI. dózou vykladanou 408 diamantmi so svojím portrétom. Thomas Jefferson a ďalší dvaja diplomati vo Francúzsku dostali podobné dary. Španielsky kráľ Karol III. obdaroval diplomata Johna Jaya koňom.
Otcovia zakladatelia sa v roku 1787 zhodli, že nikto, komu bude zverený úrad, nesmie bez povolenia Kongresu prijať od cudzieho štátu žiadny dar, odmenu, úrad alebo titul. Toto opatrenie malo byť ochranou proti korupcii. Nariadenie zostalo nezmenené viac ako 200 rokov s jedinou úpravou. Roku 1997 Kongres povolil pracovať v zahraničí armádnemu personálu vo výslužbe pre ministerstvá zahraničných vecí a obrany.
Jones počas vojny za nezávislosť požiadal Kongres o povolenie veliť francúzskej lodi pri útoku na Britov na Jamajke. Kongres to schválil, hoci budúci prezident James Madison bol proti. Kolónie nakoniec Britániu porazili skôr, ako francúzska loď s Jonesom do bitky zasiahla. Po vojne bolo námorníctvo rozpustené a Jones, ktorému bolo niečo vyše 30 rokov, sa ocitol bez lode, ktorej by mohol veliť. Napriek zákazu o prijatí odmien v cudzine sa rozhodol využiť to, že mu zahraničné vlády boli ochotné zaplatiť.
Dostal ponuku veliť ruskému námorníctvu Kataríny Veľkej, ktorá mala záujem využiť Jonesove skúsenosti v boji s Osmanmi v Čiernom mori. Jones prijal a ako kontradmirál vyplával na lodi Vladimir, ktorá mala na palube 24 diel. Jeffersonovi, ktorý bol americkým vyslancom vo Francúzsku, neskôr napísal, že aj keď toto miesto prijal, Ameriku nikdy neopustil. „Nikdy by som sa nevzdal úžasného práva na titul občana Spojených štátov,“ napísal.
Priznal, že si pre prácu pre ruské námorníctvo nezaobstaral súhlas Kongresu. Tvrdil však, že súhlas, ktorý mu Kongres dal roku 1782 pre francúzske námorníctvo, by sa mal vzťahovať aj na Rusko, keďže „oboje mu umožnia zdokonaliť sa v umení veliť flotile a viesť vojenské operácie“. Argumentoval tiež tým, že keďže Spojené štáty námorníctvo nemajú, „nemajú ani uplatnenie pre jeho vojenský talent“. Jeffersona žiadal, aby jeho vec v Kongrese „uhladil“.
Jefferson napriek existujúcemu zákazu prijímať odmeny z cudziny Jonesa podporil. Jednému priateľovi napísal, že je Jones „dostatočne mladý, aby sa dožil toho, že americké námorníctvo bude raz bojovať s britským "loďou proti lodi“ a že by sa mu mala poskytnúť príležitosť získať skúsenosť.
Vladimir pomohol ruskému námorníctvu poraziť Osmanov v dôležitej bitke roku 1788 a upevniť kontrolu nad Krymom. Medzi ruskými dôstojníkmi ale Jones nebol obľúbený a bol odvolaný do Petrohradu. Tam ho obvinili zo znásilnenia a zbitia desaťročného dievčaťa. Pred procesom ho zachránil francúzsky veľvyslanec, avšak Katarína Veliká mu zakázala pobyt v Rusku a Jones utiekol do Paríža v nemilosti.
Dožil vo Francúzsku, zomrel roku 1792 a pochovaný bol v neoznačenom hrobe. Až do roku 1905 bol zabudnutý, ale vtedy nechal americký veľvyslanec vo Francúzsku tohto „otca amerického námorníctva“ exhumovať a telo previezť do USA. Jones je pochovaný v námornej akadémii v Annapolise a prezident Theodore Roosevelt o ňom povedal, že je to muž, „ktorého by sa mal každý príslušník námorníctva snažiť napodobniť celou svojou bytosťou“. O Jonesovom pôsobení v ruskom námorníctve sa prezident nezmienil. V mramorovej hrobke v kaplnke akadémie sú vyryté mená všetkých lodí, ktorým Jones velil, s výnimkou Vladimira.