Carter viedol ministerstvo obrany v posledných dvoch rokoch administratívy prezidenta Baracka Obamu. V decembri 2015 nariadil, že všetky pozície v americkej armáde môžu zastávať aj ženy. O rok neskôr zrušil zákaz pre transrodových vojakov slúžiť v americkej armáde.
Po odchode z ministerského kresla bol Carter riaditeľom výskumného Belferovho centra na Kennedyho fakulte verejnej správy Harvardovej univerzity (Harvard Kennedy School) v americkom meste Cambridge.