Nujoma viedol dlhý boj za nezávislosť Namíbie od Juhoafrickej republiky (JAR). Nujoma v 60. rokoch pomohol založiť namíbijské oslobodzovacie hnutie známe ako Ľudová organizácia Juhozápadnej Afriky (SWAPO), ktoré sa neskôr transformovalo na politickú stranu.
Po tom, ako Namíbia získala v roku 1990 nezávislosť, sa Nujoma stal jej prvým prezidentom a krajinu viedol až do roku 2005.
„Inšpiroval nás, aby sme sa postavili na nohy a stali sa vlastnými pánmi tejto obrovskej krajiny našich predkov. Náš otec zakladateľ prežil dlhý a význačný život, počas ktorého výnimočne slúžil ľuďom svojej milovanej krajiny,“ vyhlásil dosluhujúci namíbijský prezident Nangolo Mbumba.
Nujoma po ukončení svojho tretieho funkčného obdobia na čele štátu naďalej viedol SWAPO. Z postu predsedu odstúpil v roku 2007 po 47 rokoch na čele tejto vládnucej strany.
Je všeobecne uznávaný za to, že po získaní nezávislosti od JAR, v ktorej vtedy vládla belošská menšina, zabezpečil mier a zmierenie. Nujoma sa zasadzoval aj za práva žien a detí vrátane povinnosti otcov platiť výživné na deti narodené mimo manželstva.
Namíbijská viceprezidentka Netumbo Nandi-Ndaitwahová, taktiež zo strany SWAPO, ktorá bude v marci inaugurovaná za novú prezidentku, uviedla, že Nujomovo „vizionárske vedenie, oddanosť oslobodeniu a budovaniu národa položili základy nášho slobodného a zjednoteného národa“.
Poctu zosnulému namíbijskému prezidentovi zložili viacerí africkí lídri. Predseda Komisie Africkej únie (AUC) Moussa Faki ho označil za „stelesnenie odvahy“ a za človeka, ktorý „nikdy nezľavil zo svojej vízie slobodnej Namíbie a zjednotenej Afriky“.
V krajine poznačenej dedičstvom apartheidu a nemeckej koloniálnej nadvlády Nujomova strana SWAPO dohliadala na program národného zmierenia pod heslom „Jedna Namíbia, jeden národ“. Jeho autokratické sklony, ktoré sa prejavili pri zaobchádzaní s médiami, negatívnom postoji k homosexualite a brutálnom potlačení povstania v Caprivi z roku 1999, však vrhajú tieň na jeho štátnický odkaz.
JAR ovládala Namíbiu od prvej svetovej vojny – po niekoľkých desaťročiach brutálnej nemeckej koloniálnej nadvlády, ktorá je známa genocídou Hererov a Namov.