V súčasnosti podľa cirkvi dochádza k nerovnému prístupu k cirkevným školským subjektom, pretože štát garantuje cirkevným školským subjektom prístup k menšiemu objemu dotácií z výnosu dane z príjmov ako verejným školským subjektom, pričom kritériá prideľovania tejto dotácie sú rovnaké pre všetky školské subjekty bez ohľadu na zriaďovateľa.
Konferencia biskupov Slovenska Ficovi pripomína, že podľa zmluvy medzi Slovenskom a Svätou stolicou sa katolíckym školám „poskytuje finančné zabezpečenie v rovnakom rozsahu, ako ho majú ostatné školy v súlade s právnym poriadkom SR“. Obdobné ustanovenie je zakotvené aj v zmluve s registrovanými cirkvami.
Podľa cirkvi z toho vyplýva, že garanciou poskytovania finančných prostriedkov pre cirkevné školy a školské zariadenia je platný právny poriadok SR, ktorý by mal pre tieto subjekty zabezpečiť finančné prostriedky v rovnakom rozsahu ako pre ostatné školy a školské zariadenia. Podľa biskupov ak štát akceptoval možnosti zriaďovania a fungovania cirkevných škôl a školských zariadení spolu s podmienkami ich financovania, nie je akceptovateľné, aby prípadnými legislatívnymi zmenami platnej právnej úpravy tieto záväzky porušoval a vytváral tak medzi subjektmi zvýhodňujúce, alebo znevýhodňujúce prostredie.
Katolícki biskupi zároveň predsedovi vlády pripomínajú, že podľa Dohovoru o ochrane základných ľudských práv a slobôd nie je možná diskriminácia z akéhokoľvek dôvodu, či už ide o pohlavie, rasu, farbu pleti, jazyk, náboženstvo, politické zmýšľanie, sociálny pôvod alebo príslušnosť k národnej menšine. Zároveň pripomínajú, že podľa zákona o výchove a vzdelávaní je princíp rovnoprávnosti postavenia škôl, preto žiadajú biskupi rovnoprávne postavenie zriaďovateľov. Podľa biskupov sú v návrhu MŠ sú samosprávni zriaďovatelia nadradení nad cirkevnými zriaďovateľmi a rozhodujú o ich právach a povinnostiach.
Cirkev odmieta návrh z dielne ministerstva školstva, ktorý podľa nej nadraďuje jedného zriaďovateľa, ktorým je obec alebo vyšší územný celok, nad iného zriaďovateľa, pretože rozhoduje o jeho právach a povinnostiach. Cirkev kritizuje aj ustanovenie navrhovanej novely, podľa ktorého sa samosprávny kraj vyjadruje zriaďovateľom stredných škôl k počtu tried 1. ročníka. Rezort školstva dve zásadné pripomienky cirkvi odmietol.