Strana ťaží z jej pôsobenia v rezorte, kde sa prezentuje ako bojovníčka proti korupcii. V minulosti sa však Žitňanská za rozhodujúce zmeny v strane nezasadzovala. Skôr naopak, vždy stála na strane Dzurindu a navrhla i vylúčenie „rebelujúcich“ členov bratislavskej organizácie SDKÚ.
V spore, ktorý napokon viedol k vylúčeniu asi 800 členov Bratislavského regionálneho zväzu SDKÚ, zohrala Žitňanská podstatnú úlohu. Na súde SDKÚ v marci 2008 zastupovala prezídium strany a navrhla vylúčiť 14 signatárov výzvy Nastal čas na zmenu. Členovia bratislavského zväzu SDKÚ v nej žiadali otvorenú a kritickú diskusiu o akceptovateľnosti lídrov strany. „Potrebujeme predovšetkým zmeniť spôsob vnútorného riadenia strany, rozšíriť príležitosti na vnútrostranícky dialóg,“ vyzval stranu predseda regionálneho zväzu Valentín Mikuš a ďalší signatári ako Branislav Zahradník, Milan Cílek, Tomáš Korček či Martin Kuruc.
To, čo nasledovalo, podľa kritikov pripomínalo stranícke čistky za čias komunizmu. Prezídium SDKÚ už dva dni po výzve rozhodlo o vylúčení jej signatárov, za čo hlasovala i Žitňanská. Stranícky súd 17. marca 2008 rozhodnutie potvrdil, hoci bol zvolaný nelegitímne a jeho predseda sa ho preto na protest ani nezúčastnil. „Dodnes neviem, za čo ma vlastne vylúčili, asi za prejavenie názoru,“ hovorí Milan Cílek, ktorý bol v tom čase delegátom republikového snemu SDKÚ a bratislavským viceprimátorom.
Zámienkou na vylúčenie bola smernica vydaná prezídiom SDKÚ, podľa ktorej sa o podobných veciach malo najprv diskutovať v rámci strany. O tom však väčšina straníkov, ktorí výzvu podpísali, ani nevedela. Tým, že sa výzva dostala hneď do médií, údajne porušili stanovy SDKÚ. Niekdajší starosta bratislavského Starého Mesta Andrej Petrek tvrdí, že sa výzva naozaj nemala publikovať, preto svoje vylúčenie pokladá za korektné, ani sa proti nemu neodvolal. „To, čo sa potom dialo, však už považujem za čistky. Všetkým členom zrušili členstvo v strane a vyzvali ich, aby sa preregistrovali, no mnohým to už ani neumožnili,“ uviedol Petrek.
Bratislavský regionálny zväz SDKÚ pre čistky takmer zanikol. Z jeho 1 100 členov zostalo iba 300. Tí vstúpili do novej organizácie, ktorej predsedníčkou sa po voľbách bez protikandidáta stala práve Žitňanská. Obvinenia z likvidovania oponentov v strane odmieta. „SDKÚ v Bratislave strácala svoje dobré meno. Potrebovala skoncovať s nedodržiavaním jasných pravidiel a ukázalo sa to ako správny postoj. Voliči to následne potvrdili,“ povedala Pravde.
Sporné sú i jej ďalšie hlasovania v rozhodujúcich otázkach. V roku 2010 v prezídiu SDKÚ podporila pokladníka strany Igora Kuceja, hoci bol podozrivý z vedenia fiktívnej firmy v Británii a netransparentného financovania strany. Keď v januári tohto roku členovia vlády hlasovali o odvolaní Anny Bubeníkovej z funkcie šéfky Fondu národného majetku, keďže jej meno sa spomína v spisoch Gorila, Žitňanská sa spolu s ostatnými členmi svojej strany vyslovila za jej zotrvanie. „Rozhodla som sa na základe informácií, ktoré som mala v ten deň k dispozícii,“ hovorí dnes.
Pokiaľ ide o Kuceja, pred voľbami v roku 2010 ho údajne podrobili až „krížovému výsluchu“ k financovaniu strany. „Na prokuratúru sa nosili pravidelne mnohé dokumenty a nič sa nepreukázalo. Strana zverejňuje informácie o svojom financovaní nad rámec zákona. Toto je podstatné,“ zdôraznila ministerka.
Podľa politológa Tomáša Koziaka sa dá predpokladať, že ak Žitňanská prežila všetky turbulencie v strane a teraz je jej podpredsedníčkou, musela podporovať stranícku líniu aj predsedu SDKÚ Mikuláša Dzurindu. „Keby sa pridala k nejakej rebelantskej skupine, asi by ju už vylúčili,“ skonštatoval. Podľa neho to však nemusí znamenať, že bude „Dzurindovou bábkou“, ak by ju zvolili za predsedníčku strany. „Situácia je už iná. Štyri roky je dlhý čas. Viem si predstaviť, že sa mohla začať rozchádzať s Dzurindom. Ten si v strane určite zachová nejaký vplyv, ale nemyslím si, že by bola figúrkou v jeho rukách,“ zhrnul Koziak.
„Nie som ničí človek. Som Lucia Žitňanská a rozhodnutie, že chcem s podporou voličov ísť do súťaže o post predsedníčky strany, beriem vážne. Na to sa môžu všetci v strane aj mimo nej spoľahnúť. Veď Mikulášovi Dzurindovi som svoje rozhodnutie oznámila 15 minút pred vystúpením na ústrednej rade,“ zdôvodnila ministerka.