Prezident sa okrem iného domnieva, že podľa novej právnej úpravy by nebolo možné vydávanie „tzv. negatívnych pokynov“. Tie považuje za prostriedok nadriadeného prokurátora pri ochrane práv a zákonom chránených záujmov pred nezákonným začatím trestného stíhania, vznesením obvinenia, vzatím do väzby či podaním obžaloby.
Ďalej sa domnieva, že do vydávania záväzných stanovísk generálneho prokurátora by nemal zasahovať minister spravodlivosti pri vymenúvaní členov komisie pre vydávanie stanovísk a zvolávaní jej zasadnutí. Výhrady má aj k mechanizmu výberového konania na voľné miesta prokurátora a na funkcie vedúceho prokurátora. Namieta aj účasť iných zložiek mimo prokuratúry (NR SR, vysokých škôl a neziskového sektora) na výbere kandidátov na členov výberovej komisie. Považuje to za zásah do pôsobnosti prokuratúry.
Gašparovič nesúhlasí ani s navrhovaním kandidátov na členov disciplinárnej komisie parlamentom a ministrom spravodlivosti a ani s tým, aby sa disciplinárne konanie proti prokurátorovi mohlo začať aj na návrh ministra spravodlivosti. Nestotožňuje sa ani so zmenou postavenia právnych čakateľov na asistentov prokurátora. „Ich terajšie postavenie je legálne, a požiadavku zachovania legálne nadobudnutých práv považujem za súčasť právnej istoty v právnom štáte,“ uvádza sa v rozhodnutí prezidenta.
Pred rokovaním o danej novele na pôde parlamentu Gašparovič vyhlásil, že ak ju poslanci schvália vo vtedajšom znení, podá ústavnú sťažnosť. Počas schvaľovacieho procesu však došlo k viacerým zmenám pôvodného návrhu ministerky spravodlivosti Lucie Žitňanskej.