Po prepustení z väzenia bude bývalý kňaz ešte desať rokov pod dozorom príslušných úradov, nesmie sa dostať do kontaktu s deťmi, ktoré sú mladšie ako 16 rokov, a musí sa podrobiť osobitnému programu pre sexuálnych delikventov. Shanley prijal rozhodnutie súdu úplne ľahostajne.
Pri vyhlásení rozsudku na súde v Cambridge sudca Stephen Neel poznamenal: „Ťažko si možno predstaviť, že existuje ešte nehoráznejšie zneužívanie úradu a dôvery.“ Súd však nevyhovel návrhu prokuratúry, ktorá žiadala pre obvineného trest odňatia slobody vo výške 25 rokov.
Prísažný súd uznal 74-ročného duchovného vinným z dvojnásobného znásilnenia dieťaťa, ako aj zo sexuálnych zločinov a zranenia. Shanley reagoval na obvinenie vyhlásením, že voči rozsudku sa odvolá.
Dnes 27-ročná obeť v procese vypovedala, že Shanley ju zneužíval od šiestich do dvanástich rokov na fare, v spovednici a dokonca na laviciach v Kostole sv. Jána v Newtone. Mladý muž uviedol, že spomienky sa mu vrátili až v roku 2002, po tom, ako čítal o začiatku sexuálneho škandálu v Bostone. Shanley označil obvinenia za vymyslené a odmietol ich.
Obvinenia proti Shanleymu patria k najvážnejším v sexuálnom škandále, do ktorého je zapletená bostonská arcidiecéza. Len v tejto časti USA musia kňazi čeliť desiatkam obvinení zo zneužívania detí. Samotnému Shanleymu sa dáva za vinu dvadsať takýchto prípadov.
Bostonský arcibiskup, kardinál Bernard Law, ktorý škandály dlhé roky zastieral, odstúpil zo svojho postu v decembri 2002. Stalo sa tak pod masívnym tlakom verejnosti a cirkevných miest.
Po tom, ako Shanleyho obžalovali, mu Vatikán zakázal výkon kňazského povolania. Americké médiá charakterizovali odsúdeného duchovného ako „komplexnú a kontroverznú postavu“. V 60. a 70. rokoch podporoval otvorene práva homosexuálov, chodil v džínsoch, slúžil omše pre drogovo závislých a deti z ulice a pomáhal bezdomovcom.