Spolu s exprezidentom súdia ďalších 14 prívržencov Moslimského bratstva. Všetci čelia obvineniu, že navádzali na zabíjanie demonštrantov pri prezidentskom paláci. Mursí pri prvom súdnom pojednávaní k tomuto prípadu pokrikoval heslá proti vláde a odmietal uznať legitimitu súdu.
Mursí sa k minulému, januárovému pojednávaniu nedostavil, pretože jeho presun z väznice pri Alexandrii vtedy podľa úradov znemožnilo zlé počasie. Egyptské ministerstvo vnútra bezpečnosť vysoko sledovaného procesu zabezpečuje s pomocou tisícov policajtov.
Mursího súdia pre postup pri proteste pred svojim palácom v decembri 2012. Jeho odporcovia sa tam zišli, keď vydal dekrét, ktorým si rozšíril svoje právomoci. Stúpenci Moslimského bratstva, za ktoré bol Mursí do úradu zvolený, ale týchto demonštrantov napadli a na mieste zostalo deväť mŕtvych. Demonštrácia proti Mursímu a bratstvu potom pokračovali pol roka, kým armáda prezidenta začiatkom vlaňajšieho júla neprinútila odstúpiť. Bratstvu potom súdy zakázali činnosť a najnovšie ho terajšia vláda zaradila k teroristickým organizáciám. Novým zákonom tiež sťažila organizovanie demonštrácií.