Armádny generál Mušaraf sa moci v Pakistane zmocnil pri vojenskom prevrate v roku 1999, keď zvrhol demokraticky zvoleného premiéra Naváza Šarífa. O dva roky neskôr sa formálne stal prezidentom. Pakistanci ho najskôr podporovali, postupne ale strácal ich priazeň, keď namiesto sľubovaného prechodu k demokracii posilňoval svoje právomoci a podľa kritikov dusil politickú slobodu. Početným stúpencom islamizmu tiež vadilo spojenectvo s USA v boji proti extrémistom v susednom Afganistane.
Z postu odstúpil v roku 2008, pretože mu hrozilo odvolanie. Po rezignácii odišiel do exilu, ale v marci 2013 sa vrátil, aby kandidoval vo voľbách. Volebná komisia mu kandidovať neumožnila a Mušaraf bol zatknutý.
Šaríf, ktorý sa znovu dostal do čela vlády v roku 2013, začal proti Mušarafovi stíhanie za velezradu, z ktorej bol Mušaraf obvinený v roku 2014. Stal sa tak prvým vrchným veliteľom armády, ktorý bol v Pakistane obvinený z velezrady. Koncom roka 2019 ho odsúdili na trest smrti. Vtedy ale už Mušaraf žil v Dubaji. Pakistanský najvyšší súd v januári 2020 rozsudok smrti zrušil.