Verejná časť pohrebu mala svoju pompu a účasťou oficialít takmer charakter štátneho pohrebu, aj keď tak označená byť nesmela. Samotné uloženie v krypte sa však konalo už len v kruhu habsburskej rodiny.
Pohrebný rituál sa začal v svätoštefanskej katedrále vo Viedni krátko po 15:00 veľkou zádušnou omšou. V tom čase sa už pred katedrálou tlačilo niekoľko tisíc zvedavcov, ktorí sledovali príchod korunovaných hláv a asi tisíc oficiálnych hostí. Omšu slúžil z poverenia pápeža arcibiskup viedenský, kardinál Christoph Schönborn a jemu pomáhali príslušníci vysokého kléra zo všetkých krajín bývalej monarchie. Medzi nimi pražský arcibiskup Dominik Duka, trnavský Robert Bezák a brniansky Vojtěch Cikrle.
Chrámový chór a orchester bohoslužbu sprevádzal rekviem Michaela haydna, mladšieho brata slávneho skladateľa Josepha Haydna. V čítaní z Biblie v rámci bohoslužby a prednesu modlitieb sa striedali Ottove deti a vnúčatá. Na záver arcibiskup Schönborn vyzval prítomných zaspievať cisársku hymnu Zachovaj nám Hospodine ako „posledný pozdrav Ottovi Habsburskému, poctu jeho rodine a ich dejinám“.
Po bohoslužbe sa pred katedrálou sformoval pohrebný sprievod s asi 3 500 účastníkmi. Na čele šla hudba a oddiely práporčíkov, za pohrebným vozom najbližšia rodina, potom korunované hlavy s politikmi, šľachta a významní hostia. Okrem rakúskeho prezidenta Heinza Fischera, kancelára Wernera Faymanna a mnohých ministrov tu boli aj traja vládnuci monarchovia s manželkami – švédsky kráľ Carl XVI. Gustaf, veľkovojvoda luxemburský Henri a knieža lichtenštajnský Hans-Adam II. Pri viedenskej opere sa sprievod stretol s demonštrantami, asi desiatka osôb tu protestovala proti „falšovaniu dejín a oficialitám pohrebu“. K incidentu nedošlo.
Sprievod mestom okolo symbolov bývalej veľkosti Habsburgovcov, vrátane zámku Hofburg, bol zavŕšený pri Kapucínskej krypte tradičným ceremoniálom „klepania na dvere“. Na otázku, kto si žiada vstup, ceremoniár oznámil všetky tituly zosnulého, bol ale odmietnutý odpoveďou „takého nepoznáme“. Po ďalšom zaklopaní ceremoniár vymenoval všetky vyznamenania a pocty zosnulého, opäť však bol odmietnutý. Až po tom, čo ceremoniár zosnulého označil za „smrteľného hriešneho človeka“, dočkal sa výzvy, aby vstúpil.
V mauzóleu Habsburgovcov v Kapucínskej krypte bol pohreb už súkromný len v kruhu rodiny. Spolu s Ottom tu bola uložená aj jeho manželka Regina, ktorá zomrela pred rokom.
Definitívne sa pohrebný rituál skončí v nedeľu uložením urny so srdcom Ottu Habsburského do krypty v maďarskom kláštore Pannonhlama neďaleko Györu. Deje sa tak na základe Ottovej závete a dáva sa tým najavo, že ako dieťa bol prijatý pri korunovácii svojho otca za uhorského kráľa za následníka uhorského trónu.