Šéfa SIS vymenúva a odvoláva hlava štátu. Kompetencia menovať a odvolávať šéfa tajnej služby sa počas fungovania SIS menila: po vzniku SIS v roku 1993 ňou disponoval prezident, po novelizácii zákona v roku 1995 mala právomoc menovať a odvolávať riaditeľa SIS vláda. Podľa ďalšej novelizácie, ktorá platí od roku 1999, vymenúva a odvoláva šéfa SIS opäť prezident, a to na návrh vládneho kabinetu.
Magala bude v poradí piatym riaditeľom slovenskej tajnej služby. Od vzniku SIS v roku 1993 túto funkciu dva roky zastával Vladimír Mitro, ktorého vymenoval exprezident Michal Kováč. Po jeho odstúpení a novelizácii zákona v roku 1995 vymenovala vláda Vladimíra Mečiara na tento post Ivana Lexu, ktorý pôsobil na čele SIS až do svojho odvolania v októbri 1998. Jeho nástupcom bol krátko Rudolf Žiak.
Následne v novembri vymenovala nová vláda Mikuláša Dzurindu do tejto funkcie Vladimíra Mitra. Ten sa rozhodol z funkcie odstúpiť 11. marca 2003 po tom, ako KDH navrhlo na rokovaní Koaličnej rady jeho odvolanie. Kresťanskí demokrati argumentovali tým, že Mitro vymenoval za šéfa kontrarozviedky bývalého novinára Petra Tótha, ktorý bol obvinený z trestného činu útoku na verejného činiteľa. Za nového riaditeľa SIS nominovala vláda exministra vnútra Ladislava Pittnera, vtedajší prezident Rudolf Schuster ho vymenoval 4. apríla 2003.