Podľa Kaliňáka je čudné, že ministerstvo financií nevidelo v neustále sa zvyšujúcich nákladoch problém a toky financií nekontrolovalo. Myslí si, že v kauze Branisko treba oddeliť trestnoprávne vyšetrovanie, ktoré rozhodne o vine alebo nevine obvinených, od politickej zodpovednosti, ktorú by mali vyvodiť bývalé vládne strany. Za politickú zodpovednosť v tomto prípade považuje „priznanie si chyby“.
Podpredseda KDH Daniel Lipšic odsúdil spôsob medializácie kauzy. Považuje za neprezieravé, že predseda vlády zverejnil operatívne informácie, ktoré môžu ohroziť došetrenie prípadu. Motívom premiéra bola podľa Lipšica snaha „kopnúť si do SDKÚ“. Privítal by, ak by sa kauzu podarilo dotiahnuť až k potrestaniu zodpovedných, čo by v budúcnosti pôsobilo ako výstražný príklad pre všetkých štátnych úradníkov.