Novela upravuje aj organizáciu činnosti PMÚ. Radu PMÚ ako orgán, ktorý rozhoduje v zákonom stanovených prípadoch, nebude tvoriť predseda úradu, podpredseda úradu a päť členov Rady, ako to bolo doteraz.
Po novom by to mal byť predseda úradu a šesť členov rady. PMÚ zdôvodňuje túto zmenu tým, že podpredseda úradu bude zodpovedný za prvostupňové správne konanie, a nie je preto ďalej možné, aby bol zároveň členom rady, ktorá rozhoduje aj o rozkladoch proti prvostupňovým rozhodnutiam.
„Vyčlenením podpredsedu úradu z rady by však vznikla situácia, keď by rozhodoval párny počet osôb,“ vysvetlil úrad. Preto je nevyhnutné podľa PMÚ zvýšiť počet jej členov.
Novinkou v zákone je tiež inštitút urovnania ako alternatívny spôsob ukončenia konania pre všetky typy súťažných porušení. Jeho aplikácia spočíva v tom, že ak účastník konania prizná účasť na porušení a prevezme zaň zodpovednosť, úrad by mu mal znížiť pokutu, ktorú by mu inak v zmysle zákona uložil.