Pavlis v roku 2012 pôsobil ako štátny tajomník Ministerstva hospodárstva SR a v roku 2014 bol vymenovaný za ministra hospodárstva. Funkčné obdobie v ÚNMS sa mu začína 1. októbra tohto roka.
„Koalícia vyjadrila s touto nomináciou súhlas, je to samozrejme nominácia strany Smer. Ak sa ma pýtate, či je človek vždy osobne komfortný s rozhodnutiami koaličnej vlády, tak je to daň koaličnej vlády, že nie vždy. My prijímame na vláde po dohode v koalícii rozhodnutia konsenzne. Je to nominácia strany Smer a koalícia to odsúhlasila,“ uviedla ministerka spravodlivosti Lucia Žitňanská.
Pavol Pavlis odstúpil v roku 2015 z funkcie ministra hospodárstva, keď vyšlo najavo, že na ministerstve hospodárstva má upratovacia firma SITIS Pavlisovho švagra státisícové zákazky. Meno ministra Pavlisa sa však v médiách objavovalo aj v súvislosti s firmou Port Service, pre ktorú čelil vo februári 2015 odvolávaniu v parlamente. Port Service, v ktorej pôsobil Pavlis v minulosti ako predseda predstavenstva, sa totiž pre neúspech v privatizácii Slovenskej plavby a prístavov v roku 2002 súdila o odškodné vyše 60 mil. eur so štátnym Fondom národného majetku SR. Vtedajší predseda poslaneckého klubu za Smer v NR SR Robert Fico nominoval Pavlisa za člena dozornej rady fondu. Pavlis tvrdil, že od roku 2006 so spoločnosťou Port Service, a. s. nemá nič spoločné. Vo firme pritom v minulosti pôsobil spoločne so súčasným ministrom financií ČR Andrejom Babišom.
„Zobral som to na vedomie, vláda rozhodla konsenzuálne. Ja mám pocit, že tam bolo podozrenie a on na seba zobral politickú zodpovednosť,“ reagoval na voľbu nového šéfa ÚNMS minister zahraničných vecí a európskych záležitostí Miroslav Lajčák.