Polícia našla mŕtve telá Jána a Martiny v pondelok 26. februára. Pôvodne si mysleli, že v dome mohlo dôjsť k úniku plynu. Neskôr sa ukázalo, že mladý pár bol zavraždený. Kuciak dvoma ranami do srdca, Kušnírová jednou ranou do hlavy. Vrah získal pred políciou päťdňový náskok. K činu totiž došlo už 21. februára.
Policajný prezident Tibor Gašpar už v prvotných fázach vyšetrovania vyhlásil, že vražda pravdepodobne súvisela s prácou novinára. Tento predpoklad sa neskôr aj potvrdil, hoci polícia stále nezverejnila, aký bol konkrétny motív.
Brutálny čin postavil na nohy desaťtisíce Slovákov. Nielen v Bratislave, ale aj v iných mestách, ba dokonca aj v zahraničí sa konali demonštrácie vyzývajúce na vyšetrenie zločinu a demisiu premiéra Roberta Fica (Smer), ministra vnútra Roberta Kaliňáka (Smer) a policajného prezidenta Tibora Gašpara. Žiadali tiež predčasné voľby. Zhromaždenia sa konali niekoľko týždňov a svoje požiadavky stupňovali, no účasť na nich pozvoľne slabla.
Zmeny vo vláde
Napätie panovalo aj vo vládnej koalícii. Ako prvý ju opustil minister kultúry Marek Maďarič (vtedy Smer, dnes nezaradený). Argumentoval tým, že médiá spadajú pod jeho rezort a novinár bol zavraždený počas jeho mandátu. Ulice však žiadali najmä odchod Kaliňáka. Ten napokon svoju demisiu ohlásil, no podať ju už nestihol. Predbehol ho premiér Fico, ktorého rezignácia znamenala demisiu celej vlády. Hoci Béla Bugár a jeho Most-Híd už hovorili o predčasných voľbách, odchod Fica ich primal k rokovaniam o novej vláde pod vedením Petra Pellegriniho (Smer). V zložení ministrov nezostal po „zásadnej rekonštrukcii vlády“ kameň na kameni.
Ministerka spravodlivosti Lucia Žitňanská (vtedy Most-Híd, dnes nezaradená) ako prvá oznámila, že v novom kabinete pokračovať nebude. Na čele rezortu ju nahradil Gábor Gál (Most-Híd). Novým premiérom Pellegrini, Fico sa vrátil do parlamentných lavíc. Rovnako tak Kaliňák, ktorého vystriedal Tomáš Drucker (nom. Smer). Jeho príchodom do rezortu vnútra sa uvoľnilo miesto ministra zdravotníctva, ktoré zaplnila vtedajšia štátna tajomníčka Andrea Kalavská (nom. Smer). Novou ministerkou kultúry sa stala Ľubica Laššáková (Smer).
Pozornosť verejnosti sa otočila na Druckera. Práve on mal v rukách osud policajného prezidenta Gašpara. Napokon sa rozhodol, že ho neodvolá, demisiu namiesto toho podal po menej ako mesiaci sám a definitívne sa porúčal z vlády. Rezort vnútra dočasne prebral premiér Pellegrini a ihneď sa dohodol s Gašparom, že z vedenia polície odíde. Krátko na to sa novou ministerkou vnútra stala vtedajšia štátna tajomníčka a pravá ruka Roberta Kaliňáka Denisa Saková (Smer).
Kto objednal vraždu?
Zásadné novinky nastali aj vo vyšetrovaní vraždy Kuciaka a Kušnírovej. Koncom septembra polícia zadržala na juhu Slovenska štyroch podozrivých, následne ich aj obvinila z úkladnej vraždy a sudca pre prípravné konanie ich posadil do väzby. Bývalý policajt Tomáš Sz. mal strieľať, bývalý vojak Miroslav M. ho mal na miesto doviezť, podnikateľ Zoltán A. mal vraždu sprostredkovať a objednať si ju mala podnikateľka Alena Zs. Polícia i prokuratúra zároveň vyhlásili, že ona zrejme nestála na konci tejto zločineckej reťaze a skutočný objednávateľ je niekto iný.
Neoficiálne padlo podozrenie na kontroverzného podnikateľa Mariana Kočnera, ktorý v súčasnosti sedí vo väzbe pre podozrenie z falšovania miliónových zmeniek. S Kuciakom mal už počas jeho života konflikty, keďže mladý novinár často písal o jeho kauzách. Kočner mal mať aj blízky vzťah s obvinenou Alenou Zs. On sám zatiaľ z vraždy obvinený nie je, no v októbri polícia nabehla do jeho nehnuteľností a urobila v nich domové prehliadky. Špeciálna prokuratúra začiatkom decembra potvrdila, že sa týkali vyšetrovania úkladnej vraždy, hoci nespresnila, či išlo o vraždu Kuciaka a Kušnírovej. O tom, že objednávateľom mal byť Kočner, mal podľa medializovaných informácií vypovedať jeden z obvinených Zoltán A., ktorý ako jediný už od zadržania spolupracoval s políciou.