Podľa Budaja napríklad pred voľbami v roku 1990 došlo k sfalšovaniu výsledkov lustrácií osôb zo strany ministerstva vnútra. Žiada preto Mikulca, aby vytvoril podmienky pre zistenia a prípadné zverejnenia možných zneužití rezortu vnútra v posledných desaťročiach.
„Človek by si myslel, že sa to v novembri (November 1989, pozn. SITA) skončilo, ale neskôr som sa dozvedel, že som bol odpočúvaný ministerstvom vnútra aj federálnym a potom aj slovenským, aj v ďalších rokoch. Počúval som o sebe v správach nového riaditeľa Slovenskej informačnej služby (SIS) potom, keď padla tretia Mečiarova vláda,“ povedal Budaj. Jeden z hlavných protagonistov Nežnej revolúcie sa cíti byť svedkom mnohých príbehov politických väzňov, ktorí sa nedočkali žiadneho zadosťučinenia zo strany ministerstva vnútra.
„Ani samotné prednovembrové zneužitia nie sú popísané. Viete, že samotný šéf Štátnej bezpečnosti (ŠtB) unikol akémukoľvek trestu a, naopak, stal sa súčasťou významnej finančnej skupiny, z ktorej sa napokon zrodila kauza Gorila, ktorá dodnes nie je objasnená,“ uviedol. Podľa Budaja táto minulosť stále trvá a zneužívanie tajných služieb pokračovalo aj v ďalších rokoch, čoho dôkazom má byť aj súčasné vyšetrovanie zástupcov Národnej kriminálnej agentúry (NAKA) na Úrade vlády SR pre možné úniky informácií. Šéf envirorezortu vníma súčasnosť ako príležitosť očistiť ministerstvo vnútra od „tieňov minulosti“.
„Vždy je treba pomenovať pravdu, pomenovať vinníkov, postretať ich a odškodniť obete. Tie obete, o ktorých hovorím a ktorých sa zastávam, už sotva môžu byť odškodnené, ale aspoň sa možno skrátia výsluhové dôchodky tým, čo mučili, väznili alebo strieľali na hraniciach. Dnes máme opačnú situáciu. Máme tu aj nositeľa najvyššieho štátneho vyznamenania, ktorý bol dôstojníkom na tom úseku železnej opony, kde prikázal zabiť ľudí a kde prišlo k ľudským obetiam. Cenu mu odovzdal prezident Gašparovič,“ uviedol Budaj.
Dodal, že v liste ministrovi Mikulcovi vymenoval aj konkrétne udalosti, pri ktorých malo dôjsť k zneužitiu rezortu vnútra. Medzi spomenutými udalosťami figuruje napríklad únos Michala Kováča mladšieho, vražda Róberta Remiáša aj vražda novinára Jána Kuciaka, pri ktorých by malo dôjsť k odhaleniu miery, v akej sa na skutkoch tajné služby a rezort vnútra podieľali.