Taktiež sa stretol s vodcom pravoslávnej cirkvi, patriarchom Bartolomejom, podľa neho je pápežova návšteva ďalším krokom na ceste zblíženia medzi západnými a východnými kresťanmi. Istanbul je pre hlavu katolíckej cirkvi druhou zastávkou jeho trojdňovej cesty do Turecka.
Carihradský ekumenický patriarcha dopoludnia pápeža privítal na istanbulskom letisku. Znovu sa zišli večer, kedy absolvovali spoločnú modlitbu a ekumenickú bohoslužbu v ortodoxnom kostole sv. Juraja.
Bartolomej I. nemá v rámci pravoslávnej cirkvi také právomoci ako pápež v katolíckej cirkvi, pretože národné odnože pravoslávia majú značnú autonómiu, napriek tomu je označovaný za najvyššieho predstaviteľa spoločenstiev 300 miliónov ľudí, ktorí sa k ortodoxnému kresťanstvu hlásia. S Františkom sa síce osobne stretol už niekoľkokrát, ale jeho terajšiu návštevu označil za „historickú“.
Pápež sa snaží o ústretovosť k ostatným náboženstvám, a navštívil preto v Istanbule aj Modrú mešitu. Spoločne s tamojším veľkým muftím Rahmim Yaranom niekoľko minút zotrval v tichej modlitbe vo svätostánku, ktorý dal v 17. storočí postaviť sultán Ahmed I. Potom zavítal aj do niekdajšieho byzantského chrámu Božej múdrosti (Hagia Sofia), ten je dnes múzeom.
Pápež ale venoval pozornosť aj malej katolíckej komunite v Turecku a odslúžil omšu v katedrále svätého Ducha.
Františkov pobyt v Istanbule sprevádzali prísne bezpečnostné opatrenia. Centrum mesta bolo prakticky uzavreté, podľa tureckých médií bolo v uliciach okolo 7 000 policajtov.
Návštevu Turecka začal pápež v piatok v Ankare, kde sa okrem iného stretol s tureckým prezidentom Recepom Tayyipom Erdoganom. Vo svojom prejave odsúdil extrémizmus, vyzval na väčšie porozumenie medzi jednotlivými náboženskými smermi a tiež na pomoc Turecku so zvládnutím problému sýrskych utečencov.