Podľa britských úradov existujú dôkazy, že Kovtun a ďalší bývalý ruský agent Andrej Lugovoj otrávili kritika Kremľa Litvinenka izotopom rádioaktívneho polónia 210. Látku mu primiešali do čaju počas stretnutia, ktoré sa na jeseň roku 2006 konalo v jednom z londýnskych hotelov.
Litvinenko ako agent pracoval najskôr pre Sovietsky zväz a potom pre Rusko, neskôr začal kritizovať vedenie svojej krajiny aj pomery v rozviedke. Nakoniec v roku 2001 získal politický azyl v Británii, prijal britské občianstvo a pracoval pre tajnú službu MI6.
Pred svojou smrťou Litvinenko obvinil ruského prezidenta Vladimira Putina, že objednal jeho vraždu. Kremeľ vždy popieral, že by bol do prípadu zapletený, rovnako ako Lugovoj a Kovtun, ktorých Rusko odmietlo vydať.
Kovtun sa spočiatku odmietal zúčastniť na vyšetrovaní v Británii, neskôr vyjadril ochotu sa na objasnení Litvinenkovej smrti podieľať. Vypovedať mal v pondelok. Minulý týždeň sa Kovtun spojil s vyšetrovateľmi a tvrdil, že dostal od právnikov radu zachovať mlčanie vzhľadom na prebiehajúce vyšetrovanie v Rusku. Ak by vypovedal bez dovolenia ruských úradov, mohol by sa dopustiť trestného činu.
Vyšetrujúci sudca Robert Owen uviedol, že takéto počínanie vzbudzuje veľmi vážne podozrenie, že Kovtun sa pokúša manipulovať situáciou, aby vyvolal dojem, že je ochotný spolupracovať. Sudca dal preto Kovtunovi lehotu do utorkovej deviatej hodiny londýnskeho času (10:00 SELČ). „Rozhodol som sa, aj keď nerád, dať tomuto mužovi poslednú príležitosť, aby splnil svoje tvrdenie, že chce pomôcť s vyšetrovaním,“ povedal sudca Owen.
Litvinenkov prípad viedol k diplomatickej roztržke medzi Londýnom a Moskvou a vzťahy oboch krajín komplikuje dodnes. Súčasné vyšetrovanie prípadu sa začalo tento rok v januári, keď vláda schválila žiadosť Litvinenkovej vdovy, a trvať by malo do konca tohto roka.
Prvé neverejné vyšetrovanie pred deviatimi rokmi sa nemohlo zaoberať utajovanými dôkazmi spojenými s možnou úlohou Ruska pri zabití agenta. Práve tieto informácie sú podľa vdovy Mariny Litvinenkovej kľúčové k odhaleniu pravdy.