Temer je prezidentom od septembra, keď sa stal z pozície viceprezidenta hlavou štátu po zosadení prezidentky Rousseffová z ľavicovej Strany pracujúcich (PT). Zákonodarcovia ju zosadili pre ovplyvňovanie výsledkov štátneho rozpočtu. Šéf pravicovej Strany demokratického hnutia Brazília (PMDB) Temer má v čele krajiny zostať prinajmenšom do volieb v roku 2018.
Obvinenia Temera spadajú do najväčšej korupčnej kauzy novodobej brazílskej histórie nazývanej Lava Jato (autoumývareň). Vypukla na jar 2014 a týka sa rozsiahleho systému úplatkov za prideľovanie predražených zákaziek a funkcií v štátnom energetickom koncerne Petrobras počas približne desiatich rokov.
Odsúdených v kauze bolo už vyše 100 ľudí, ďalšie stovky sú vyšetrované, vrátane desiatok politikov z rôznych strán. Súdený má byť v tejto kauze napríklad aj bývalý prezident Inácio Lula da Silva, exminister financií Guido Mantega či bývalý predseda dolnej komory parlamentu Eduardo Cunha. V októbri bol obžalovaný z korupcie, prania špinavých peňazí a sprenevery tiež brazílsky exprezident a senátor Fernando Collor de Mello.