Jej prípad opätovne otriasol škandálmi sprevádzanou vládou premiéra Šinza Abeho. Premiér jej rezignáciu prijal a spravovaním ministerstva dočasne poveril ministra zahraničia Fumia Kišidu.
Inadaová odstúpila po zverejnení výsledkov vnútorného vyšetrovania na ministerstve. To sa začalo po tom, ako sa objavili obvinenia, že ministerstvo zatajilo existenciu časti denných záznamov o aktivitách japonskej mierovej misie OSN v Južnom Sudáne. Tie údajne obsahovali informácie o nebezpečenstve, ktorému čelia vojaci opravujúci cesty v konfliktných zónach Afriky.
Výsledky vyšetrovania podľa nej poukazujú na závažné nesprávne zaobchádzanie s úradnými dokumentmi, ktoré je v rozpore so zákonom o prístupe k informáciám, a verejnosti naznačujú medzery v štátnej správe. Ona sama však odmieta, že by sa na utajovaní dokumentov podieľala a vyšetrovanie podľa jej slov ani neprinieslo dôkazy o tom, že by naň dala súhlas.
Škandál spustilo obvinenie, že ministerstvo obrany odmietlo žiadosť o zverejnenie informácií s tvrdením, že dokumenty zničili. Následné vyšetrovanie prípadu ale v marci odhalilo, že dáta stále existujú.