Saipova zadržali 31. októbra bezprostredne po spáchaní útoku. V rovnaký deň si tiež formálne vypočul obvinenia, ktorá pred federálnym súdom na Manhattane vzniesla prokuratúra. Pred týždňom proti nemu v súlade so zákonmi vzniesla obžalobu veľká porota.
V ôsmich z 22 bodov Saipova obžalovali z vraždy a v 12 z pokusov o vraždu. Jeden bod sa týka poskytovania a pokusu o poskytovanie materiálnej podpory teroristickému hnutiu Islamský štát a posledný bod zneužitia automobilu na útok.
Za najzávažnejšie obvinenia z obžaloby hrozí Saipovovi trest smrti, aj keď zatiaľ nie je jasné, či prokuratúra bude absolútny trest navrhovať. Americký prezident Donald Trump sa v jednom zo svojich príspevkov na twitteri za takýto postih vyslovil.
Saipov vyšetrovateľom povedal, že postupoval podľa návodu šíreného hnutím Islamský štát a že chcel zabiť čo najviac ľudí.