CSU podľa exit pollov získala len 35,5 percenta hlasov, čo je dramatická strata oproti výsledku spred piatich rokov, keď ju volilo bezmála 48 percent Bavorov. Prepad CSU, ktorá od vojny dominuje bavorskej politike, môže ohroziť postavenie predsedu strany a spolkového ministra vnútra Horsta Seehofera.
Naopak, výrazne sa posilnili Zelení, ktorí sa stali druhou najsilnejšou stranou. Proimigrantskí environmentalisti zdvojnásobili počet svojich stúpencov a so ziskom 18,5 percenta vytlačili SPD z jej tradičného postu druhej najsilnejšej strany. Sociálni demokrati s odhadovanými desiatimi percentami hlasov zaznamenali najhorší výsledok od druhej svetovej vojny. Predstihla ich aj krajne pravicová Alternatíva pre Nemecko (AfD), ktorá sa do bavorského krajinského snemu dostala po prvý raz, a to hneď so ziskom 11 percent hlasov. Euroskeptické a xenofóbne zoskupenie sa do parlamentu najväčšej spolkovej krajiny prebojovalo len deň po tom, čo v Berlíne protestovalo proti krajnej pravici, rasizmu a islamofóbii bezmála štvrť milióna ľudí. V bavorskom sneme bude mať podľa povolebných odhadov svoje zastúpenie aj protestné zoskupenie Slobodní voliči (FW) s 11,5 percenta a možno i slobodní demokrati (FDP), ktorí sa pohybovali v okolí päťpercentného prahu.
Nové rozloženie síl môže výrazne skomplikovať snahu krajinského premiéra Markusa Södera vytvoriť stabilnú koalíciu v Bavorsku. Keďže CSU vopred rezolútne odmietla koalíciu s AfD, nie je vylúčené, že bude nútená pokúsiť sa uzavrieť neprirodzené spojenectvo so Zelenými.
Seehofer, líder CSU a minister vnútra v Merkelovej vláde, bude podľa pozorovateľov čeliť tlaku, aby sa vzdal aspoň jedného z týchto postov po tom, čo jeho ostrá rétorika proti žiadateľom o azyl odplašila veľa liberálnejšie orientovaných stúpencov kresťanskej únie. Hlasy v tomto duchu sa už ozývajú zo sesterskej CDU. „Vinou CSU sme stratili dôveryhodnosť,“ povedal pre Welt am Sonntag Volker Bouffier, Merkelovej zástupca vo vedení CDU. Seehofera obvinil, že poškodil imidž konzervatívneho bloku CDU/CSU. Bouffier je premiérom v Hesensku, ktoré čakajú krajinské voľby ešte tento mesiac.
O tom, ako veľmi bude bavorské zaucho bolieť Merkelovú, vedú analytici spory. Niektorí predpokladajú, že neúspech CSU prispeje k ďalšej erózii moci spolkovej kancelárky, ktorá je pri moci už trinásty rok. Naopak, Matthias Dilling, politológ z Oxfordskej univerzity, si myslí, že Merkelová by bola v podstatne ťažšej situácii, keby CSU dopadla lepšie, než sa jej podarilo. „Táto úvaha vychádza z poznatku, že v minulosti sme boli svedkami napätia medzi CSU a CDU na spolkovej úrovni zvyčajne vtedy, keď CSU bola v silnej pozícii, ako napríklad na jeseň 1976, keď sa dočasne rozhodla skoncovať so spoločnou parlamentnou skupinou s CDU,“ povedal expert na Nemecko pre Pravdu. Vzhľadom na to, že CSU pod vedením Seehofera a Södera viedlo kampaň v Bavorsku útočením na umiernenú politiku Merkelovej voči imigrantom, ak by teraz strana dosiahla lepší výsledok, mohla by tvrdiť, že to bola úspešná stratégia, argumentuje Dilling.
„Pri výsledkoch, aké CSU dosiahla, na základe ktorých má predpoklady naďalej viesť krajinskú vládu, neočakávam nijaké dramatické zmeny. Kým Seehofer a Söder budú zjavne čeliť kritike, nie je veľmi pravdepodobné, že by jeden z nich alebo obaja čoskoro odstúpili. Namiesto toho predpokladám rýchly návrat do obvyklých koľají. CSU zrejme prijme menej konfrontačnú stratégiu na spolkovej úrovni, pretože si zabezpečila minimálny cieľ v týchto voľbách, ktorým pre ňu bolo udržať si pozíciu predsedu bavorskej vlády,“ prognózuje Dilling.